Priame zdravotné následky zahrňujú možné ohrozenie ľudského zdravia použitím biometrie a existuje aj záujem verejnosti o možné riziká. Nepriame dôsledky súvisiace s etickým nebezpečím vznikajú pri odhaľovaní súkromných lekárskych informácii. Priame medicínske následky sú v povedomí verejnosti iste viac, no ťažšie je vyrovnať sa s už spomínanými etickými dôsledkami. Ďalej rozvíjame nasledujúce:
Interakcia s biometrickým senzorom môže spôsobiť dve zdravotné riziká. Ak systém používa kontaktový senzor (skutočný alebo vnímaný), exituje nebezpečie, že sa senzor kontaminuje. Nebezpečie môže byť minimálne, predovšetkým, keď to zrovnáme s inými každodennými situáciami (napr. dotýkanie sa kľučky na dverách, zábradlia), ale predsa toto riziko môže mať negatívny dopad na akceptovanie biometrie v spoločnosti. Pravidelné čistenie (napr. pravidelné ožarovanie UV lúčmi) môže niminalizovať obavy a zlepšiť výkon senzora. Druhé riziko sa viaže na technológie, ktoré používajú skenovanie, ktoré by mohlo spôsobiť teplotné poranenia v zadnej časti oka, ale to je biometrická technológia, ktorá sa často nepoužíva. Dáta zo zariadení na rozpoznávanie podľa dúhovky nepreukazujú žiadny fakty o tom, že by systém mohol spôsobovať nezepečenstvo. Bolo by to odôvodnené, ale predsa toto tvrdenie ešte overujú nezávislé laboratóriá.
Tieto dôsledky sú rozporuplnejšie, pretože sa vzťahujú na možnosť, že biometrické údaje odhalia citlivé zdravotné informácie, čo vedie k etickým obavám. Vedci skúmajúci dúhovky konštatujú, že dúhovka môže odhaliť vážne zdravotné problémy, ale tieto tvrdenia nie sú vedecky odôvodnené, a teda jediné riziko je len strach verejnosti. Snímanie sietnice by mohlo mať vážne následky, keby umožnilo zistenie cievnych disfunkcií. Existujú tiež otázky budúcnosti, tvárové rozpoznávanie môže byť používané na zistenie výrazu a tak citového stavu. Diskusia o etike sa oživila práve vtedy, keď sa začalo posudzovať využívanie DNA, aj keď oblasti DNA využívané na identifikáciu sú nekódujúce.